はい。eSIMでiMessageを使用することができます。 

eSIMをインストールした後に、iMessageの再設定が必要となる場合があることにご注意ください。 再設定は以下の手順に従ってください。
  1. 端末の設定に移動します。
  2. メッセージに移動します。
  3. iMessageをオフ→オンにします。
  4. 送受信をタップします
  5. 電話番号のチェックをオフにし、メールアドレスがオンになっていることを確認します。 データ接続のみでiMessagesを送受信できるようになります。
eSIMが不要になったら、設定 > メッセージ > 送受信に移動し、電話番号をもう一度オンにすることで、主回線のSIMに切り替えられます。